冷冻保存是将生殖细胞（配子）或胚胎进行低温冷冻（液氮，-196℃中），使细胞处于休眠状态，需要时进行复苏，使其恢复发育能力，经过体外受精或体外培养后，移植入代孕母体内发育成新的个体。

小鼠资源绝大部分都进行了冷冻保种，尤其是应用于不同领域研究的基因工程小鼠，研究结束后进行冷冻保存，在需要时进行复苏使用，这样不仅节省了饲养成本，而且提高了种质资源的利用效率。不仅如此，对近交系小鼠进行低代次胚胎的冷冻保存，并周期性地复苏，可减缓随代次增加而积累的遗传漂变，更好地维持了近交品系的遗传质量。

冷冻保种可分为：精子冷冻保存（Cryopreservation of Sperm）和胚胎冷冻保存（Cryopreservation of Embryo）。

1) 理论上只要处于液氮液面以下，可永久保存；

2) 节省活体保存所需的物力、财力；

3) 保证了种质资源遗传的稳定性；

4) 方便运输，提升了资源利用的广泛性与便利性；